فرضیه حدس و گمان علمی و خردمندانه‌­ای است که محقق در مورد روابط یک یا چند متغیر پژوهش خود دارد. این گمان‌­ها، نشان­‌دهنده­‌ی نتایج مورد انتظار از پژوهش است. در واقع پژوهشگری که قصد دارد رابطه­‌ی دو متغیر را در طرح خود مورد بررسی قرار دهد، قبل از شروع، نتایجی را که قرار است در مطالعه­‌ی خود به صورت علمی به بررسی آن بپردازد، پیش­‌بینی می­کند. مثلا اگر هدف ویژه‌­ی یک پژوهش، تعیین رابطه­‌ی بین اعتیاد به گوشی همراه و کیفیت زندگی دانشجویان باشد، یعنی پژوهشگر قصد دارد این رابطه را بررسی کند و حدس‌­هایی هم در مورد نتیجه این بررسی زده است. بنابراین این حدس را صورت فرضیه در پروپوزال خود به این صورت می­نویسد: اعتیاد به گوشی همراه با کیفیت زندگی دانشجویان ارتباط معنی­‌داری دارد یا اعتیاد به گوشی همراه بر کیفیت زندگی دانشجویان تأثیر منفی دارد.

همانطور که گفته شد قرار است فرضیات پژوهش، طی آن طرح مورد بررسی قرار بگیرند، بنابراین فرضیات هیچ­گاه قطعی و صد در صد درست نیستند. فرضیات قرار نیست اثبات یا ابطال شوند، بلکه در یک پژوهش این فرضیات تأیید یا رد می­شوند. تفاوت اثبات و تأیید و همچنین ابطال و رد، در میزان قطعیت آن­ها است. یعنی اثبات و ابطال قطعیت بیشتری نسبت به تأیید و رد دارند. زیرا ممکن است در یک پژوهش یک فرضیه تأیید شود اما در پژوهشی مشابه در زمان، مکان یا جمعیت متفاوت، همان فرضیه رد شود. پس هیچ فرضیه‌­ای صد در صدی نیست.

حتی گاهی ممکن است در یک پژوهش، نتایجی کاملا خلاف فرضیات به دست بیاید. در این حالت باید رد فرضیه را به عنوان نتیجه­‌ی پژوهش پذیرفت. در واقع ارزش تأیید شدن یا رد شدن فرضیه، از نظر علمی یکسان است. بعضی اوقات برخی از پژوهشگران در این زمان، دست به ایجاد تغییر در داده‌­ها و نتایج می­زنند که این کار کاملا اشتباه است؛ زیرا همان قدر که تأیید یک فرضیه نتیجه­‌ای مهم است، رد آن هم اهمیت دارد و باید صادقانه به مخاطب گزارش شود. پس تغییر داده­‌ها برای تأیید شدن یک فرضیه کاری کاملا غیر اخلاقی است.